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在项目开展过程中，重庆考古秉承多学科合作理念，将科技考古与考古发掘研究相结合，在动植物考古、残留物分析、微痕分析、分子生物学等方面开展综合性研究，为研究古代巴人宗教信仰、生业模式、聚落分布等提供数据支撑。例如，在涪陵小田溪遗址出土人骨中获取了线粒体DNA、核DNA，为建立重庆地区古人类基因库，探讨巴人族群构成及迁徙路线，开展后续人群分析研究奠定了基础。